Les Meet-Ups

Le Call4Debate est une série de Meet-Ups ouverts dont les thématiques vous permettront de préparer le Challenge4Cancer.

Plusieurs experts présenteront un sujet avant d'échanger avec la salle.

Vous trouverez ici les Meet-Ups, leur compte-rendu et les "3 questions à..." que nous avons posées à nos experts.

Meet-Ups passés

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28.05.2016 | Remise des prix & Soirée de clôture du Challenge4Cancer

Après 6 mois (182 jours) de travail, 21 000 jeux de données mis en ligne, 800 litres de café et au bas mot 60 paquets de bonbons partagés, la première édition du Challenge4Cancer touche à sa fin. Venez les découvrir et assister à la remise des prix du Challenge4Cancer, qui récompensera les projets les plus aboutis, collaboratifs et visionnaires. À partir de 18h, les portes seront ouvertes au public. Vous pourrez découvrir les projets grâce à une exposition de leurs posters scientifiques et des pitchs rapides des équipes, suivis de la remise des prix et la soirée de clôture avec cocktail dînatoire.

19.05.2016 | Meetup & Workshop in writing collaborative scientific articles - with Authorea

Let's meet for our last meet-up before the Challenge4Cancer's finals on May 28th! We will have the pleasure to welcome Karolina Mosiadz, who works for the collaborative platform Authorea. She will organize the workshop on how to use Authorea in order to write collaborative articles based on contributors work.

30.04.2016 | RAMP 2 (Rapid Analytics and Model Prototyping)

Le RAMP (Rapid Analytics et Model Prototyping) est un outil, développé par le Paris-Saclay Center for Data Science et l'Ecole des Mines, pour la gestion des datathons et des data challenges en format de compétition / collaboration.
Vous travaillerez sur un set de données inédites composé de tout le dataset core d'Epidemium + une partie de la base EpidemiumDB nettoyée par la communauté Epidemium. Vous pourrez développer, tester et optimiser vos modèles prédictifs sur ces données ! Des spécialistes d'épidémiologie seront présents pour vous accompagner sur les aspects médicaux. L'événement sera animé par Djalel Benbouzid, spécialiste du machine learning, qui pourra aussi aider les moins expérimentés d'entre vous. Grâce à un travail en équipe, vous aboutirez, à la fin de la journée, aux meilleurs modèles permettant de prédire la mortalité due au cancer.

14.04.2016 | Meet-Up Méthodes de travail collaboratif 3.0 : les intermédiaires pour faciliter la conception innovante

Olga Kokshagina Chercheuse à Mines ParisTech Open innovation & technology management Spécialiste des capacités d’innovation radicale

Yohann Sitruk Chercheur à Mines ParisTech Open innovation & open source Création collaborative autour des communautés scientifiques

7.04.2016 | Meet-up Premières réalisations de la communauté Epidemium

À un mois de la fin du Challenge4Cancer, nous vous invitons à découvrir deux initiatives menées par certaines équipes de projets Epidemium  : EpidemiumDB & Viz4Cancer.

Venez découvrir tout le potentiel de ces deux initiatives pour vos analyses et travaux de recherche en épidémiologie du cancer et la manière dont vous pourrez participer à cette dynamique !

17.03.2016 | Meet-Up À la découverte de la data science + étude de cas en oncologie

Amel Sahli

Docteur en Mathématiques et Market Manager chez Global Knowledge

Amel Sahli présentera les problématiques adressées par les data scientists et nous dira quelles sont les compétences du data scientist requises par le marché du travail. L'étude de cas concernera les données oncologiques issues des fichiers du répertoire Core du Challenge4Cancer.

01.03.2016 | Un Google 3.0 du cancer : est-ce possible ?

Alain Livartowski Médecin à l’Institut Curie Alain Livartowski est médecin à l’Institut Curie - Paris dans le Département d’oncologie médicale coordonné par le Professeur Jean-Yves Pierga. Parallèlement à une activité clinique centrée sur les cancers thoraciques, il coordonne le Département d’information médicale et les projets eSanté au sein de l’Institut Curie. Entre 2000 et 2010, il a coordonné les projets d’informatisation du dossier médical et participé à plusieurs groupes de travail sur le Dossier médical personnel, l’Espace numérique régional de santé ou le Dossier communicant de cancérologie. Co-auteur d’un outil de fouille de données (Prométhée), il est actuellement responsable des développements complémentaires dans le cadre du projet ConSoRe piloté par UNICANCER. Il est responsable au niveau de l’hôpital du projet de structuration des données hospitalières en vue d’assurer l’intégration des données cliniques avec les données issues du Centre de recherche de l’Institut Curie. Il co-coordonne avec la Direction de l’informatique et des systèmes d’information de l’Institut Curie « le projet Big Data clinique ». Il porte le projet myCurie qui a pour objet de fournir aux patients une application leur permettant de disposer d’informations personnalisées sur leur parcours de soins.

25.02.2016 | Bocal Oncologie et épidémiologie

Tous les jeudis soirs, un espace de La Paillasse vous est réservé pour travailler en équipes sur vos projets Epidemium. Une fois par mois, nous profitons de ce rendez-vous pour organiser ces moments de travail ouverts à toute la communauté, participants comme curieux. L'objectif est de vous (re)(re)rencontrer, répondre à vos questions, vous aiguiller et avancer dans la bonne direction afin que les travaux que vous menez prennent forme et aillent le plus loin possible d'ici la soumission des projets finaux le 5 mai.

À presque mi-parcours du challenge, nous réalisons un troisième bocal pour répondre aux questions oncologiques et épidémiologiques des participants afin de les aider dans la progression de leur projet.

18.02.2016 | Meet-Up Analyse des résultats de la RAMP

Après la RAMP : Rapid Analytics and Model Prototyping de samedi dernier, voici le moment de dépouiller les modèles de prédiction du taux de mortalité du cancer qui ont obtenu des scores bien au-delà de nos espérances et de pousser les analyses plus loin.
Après une présentation des résultats globaux (scores, nombre de modèles soumis, etc), nous vous invitons à participer à deux moments de discussion parallèles :

• d'une part, nous faisons appel aux développeurs Python (les modèles ont été développés en Python mais si vous êtes spécialisés R, vous pouvez aussi participer) pour consolider la base et analyser les facteurs de risque des premiers modèles ;
• d'autre part, si vous faites partie de la communauté médicale, venez réfléchir aux questions à poser relativement aux données à partir des variables et co-variables disponibles.

Une belle manière d'appréhender le cancer différemment !
N'hésitez pas à partager l'événement à toute personne susceptible de pouvoir nous aider à avancer dans ces deux voies !

13.02.2016 | RAMP : Rapid Analytics and Model Prototyping

Qu’est-ce qu’une RAMP ? RAMP pour Rapid Analytics and Model Prototyping ! Comment mobiliser un ensemble de Data Scientist afin d'attaquer efficacement un problème de prédiction avec des enjeux cruciaux ? Telle est la motivation derrière le concept du RAMP. Pendant une journée, des passionnés de data et d'algorithmes de Machine Learning se retrouvent dans un lieu commun pour un mélange entre coopération et compétition.

Après un premier briefing sur la tâche de prédiction en jeu ainsi qu'une description des données mise à disposition, une application web conçue spécifiquement pour le RAMP est mise en place afin de permettre aux participants de soumettre leurs modèles à notre serveur central. Les modèles sont entrainés et évalués sur le serveur puis leur performance est classée dans un tableau que l'on affiche tout au long de la journée.

En plus de l'aspect compétitif, le RAMP met particulièrement l'accent sur la collaboration : tous les participants ont accès aux codes des modèles déjà soumis. Ils peuvent donc les reprendre, les combiner, les améliorer et les soumettre de nouveau. Rapidement, on aboutit à un prototype performant qui résulte des efforts de tout le monde, d'où le nom de l'approche.

Il en découle aussi un fort aspect pédagogique : les participants n'ont pas a être des experts du Machine Learning en venant au RAMP, toutefois, ils en sortent la plupart du temps avec plus de connaissances pratiques et une formation certaine aux principales librairies du domaine.

04.02.2016 | Meet-Up Que se cache-t-il derrière cette ère de l'Open (Big Data, Science etc.) ?

Guillaume Dumas Co-fondateur de HackYourPhD Guillaume Dumas est ingénieur de l’école Centrale Paris et docteur en neurosciences cognitives de l’Université Paris 6. Après un post-doctorat au Center for Complex Systems and Brain Sciences de Florida Atlantic University, il rejoint l’équipe de génétique humaine et fonctions cognitives de l’Institut Pasteur pour étudier les bases neurogénétiques de l’autisme. Parallèlement, il s'implique à travers la médiation scientifique et l'associatif dans la relation entre Science, Éthique, et Société. Il a notamment été expert invité à l'ONU sur les questions de libertés culturelles, et a co-fondé l'association HackYourPhD, autour des valeurs de la "Science Ouverte".

Célya Gruson-Daniel Co-fondatrice de HackYourPhD Diplômée de l’ENS et de l’UPMC en neuroscience cognitive et comportementale, Célya Gruson-Daniel s’intéresse aux transformations de la recherche et de l’éducation supérieure, notamment via les mouvements de l’Open Science et de l’Open Education. Elle coordonne et pilote l’activité de production des MOOCs du Centre Virchow-Villermé de santé publique. Elle contribue à l’animation de l’activité de recherche en Open Science et Big Data. Elle a cofondé en janvier 2013 la communauté HackYourPhD. Elle consacre son Doctorat en Information et Communication au mouvement de l’Open Science (École Doctorale Frontières de l’Apprentissage du Centre de Recherche Interdisciplinaire (CRI)).

21.01.2016 | Meet-Up Construire une approche éthique des données ouvertes dans le cadre de la recherche collaborative en santé : enjeux et débat

Geoffrey Delcroix Chargé d'études innovation et prospective à la CNIL Geoffrey Delcroix pilote au sein de la CNIL (autorité française de protection des données personnelles) des projets d’innovation, d’études et de prospective au sein de la Direction des Technologies et de l’Innovation. L’équipe études, innovation et prospective identifie et explore des tendances émergentes à la frontière entre les usages et technologies numériques, les droits des personnes et les questions éthiques, et les données. Point de contact des écosystèmes d’innovation, l’équipe publie également différents travaux (quantified self, smartphones, objets connectés, drones, santé numérique, big data…) disponibles sur www.cnil.fr/ip. Diplômé en sciences politiques et prospectiviste, Geoffrey Delcroix a commencé sa carrière au sein de l’équipe de Futuribles, centre indépendant d’étude et de réflexion sur le monde contemporain, comme consultant et chargé d’études. Il a ensuite été chargé de mission au sein de la Délégation à la prospective et à la stratégie du ministère de l’Intérieur avant de rejoindre la CNIL en 2011.

Jonathan Keller Juriste de La Paillasse Pilier de la conscience communautaire de La Paillasse, Jonathan Keller est juriste, correspondant informatique et liberté. Après des études d'anglais où il devint traducteur juridique, il repris des études de droit. Happé par cette discipline et passionné par les nouvelles technologies et les problématiques juridiques qui leur sont liés, il finalise actuellement un doctorat de droit, droit des NTIC à lUniversité Paris Ouest La Défense ayant pour sujet la notion d'auteur dans les mondes des logiciels.

14.01.2016 | Bocal Développer, faire progresser, documenter vos projets

L'objectif est de vous (re)(re)rencontrer, répondre à vos questions, vous aiguiller et avancer dans la bonne direction afin que les travaux que vous menez prennent forme et aillent le plus loin possible d'ici la soumission des projets finaux le 5 mai.

Quel est l'ordre du jour de ce 2ème Bocal ?

15.12.2015 | Meet-Up Open data en cancérologie : un cas pratique

Akpéli Nordor Doctorant à l’Institut Curie et au Massachusetts General Hospital Akpéli Nordor termine son doctorat d’université en biologie des cancers à l’Institut Curie à Paris, ainsi qu’au Massachusetts General Hospital/Harvard Medical School à Boston. À partir d’open data, il met en œuvre des méthodes informatiques innovantes afin de mieux comprendre la régulation de gènes impliqués dans la gravité des cancers. Akpéli est titulaire d’un diplôme de docteur en pharmacie et d’un master de bioingénierie de l’Université Paris Descartes et ParisTech.

10.12.2015 | Bocal Projets & constitution d'équipes

Le Bocal Epidemium est l'espace de La Paillasse dédié aux équipes du Challenge4Cancer qui souhaitent se réunir pour avancer sur leur projet.

Un mois après le lancement du Challenge4Cancer, vous êtes nombreux à nous contacter pour nous poser des questions sur le fonctionnement du programme, à vouloir rejoindre ou constituer une équipe, à avoir envie de tester des idées de projet.

Retrouvons-nous donc à La Paillasse pour une session de travail et d'échanges. Des experts seront présents pour vous aiguiller et répondre à vos questions.

24.11.2015 | Meet-Up Prédire la survie des cancers du poumon de stade précoce

Charles Ferté Chef de clinique assistant en oncologie à l'IGR & membre du comité scientifique d'Epidemium Charles Ferté MD PhD est oncologue médical et chercheur chez Gustave Roussy. Après sa formation médicale, il a obtenu un PhD en biologie moléculaire du cancer à l’Université Paris-Sud. Il a ensuite complété sa formation par un post-doctorat de deux ans chez Sage Bionetworks (Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, USA), où il a acquis une expertise en bioinformatique et modélisation prédictive dans le domaine de la médecine de précision (ASCO Young Investigator Award 2012). Il s’intéresse principalement à la recherche translationnelle liée à la médecine de précision, la génomique, le développement clinique, la modélisation prédictive, la biologie des systèmes et l’oncologie.

Mathilde Bateson Data scientist à l'Institut Hypercube Mathilde Bateson est data scientist spécialisée dans la recherche en santé chez HyperCube, filière Analytics Big Data de BearingPoint. Elle est aussi déléguée en mécénat de compétences à l’Institut HyperCube, fonds de dotation philanthropique dédié à la recherche sur les maladies rares, orphelines, et les grands problèmes de santé publique. Ses principaux champs d'intérêt sont l’application du Big Data pour la recherche médicale (modélisation prédictive, génomique…) ainsi que le développement de solutions digitales qui engagent le patient et les communautés médicales.

12.11.2015 | Meet-Up Les modèles d’épidémies sur base de données mobiles

Nicolas de Cordes Vice-président marketing anticipation du Groupe Orange Nicolas de Cordes has been in the telecom industry for 18 years. He is in charge of identifying consumer trends and exploring new business opportunities for the Orange Group. As part of this role, he launched the projects "Data 4 Development" in Ivory Coast and Senegal.

Stefania Rubrichi Biomedical engineer & data scientist Stefania Rubrichi is a Biomedical Engineer. She earned her PhD in Bioengineering and Bioinformatics at University of Pavia. She also completed a master's degree in Mathematics for Data Science and Big Data at Ecole Polytechnique, with an internship at Orange Labs.

15.10.2015 | Meet-Up Le Traitement des données de santé, enjeux et réalités

Alexandre Templier Spécialiste de la Data Science Alexandre Templier évolue depuis plus de 20 ans dans le domaine des Sciences de la Vie. Passionné par les technologies de l'information et l'optimisation des décisions en environnements complexes, il a consacré l'essentiel de sa carrière à mettre les sciences de l'ingénieur au service du monde médical. Co-fondateur et Président de QUINTEN, il est notamment en charge du développement et des partenariats académiques dans le domaine de la Santé.

06.10.2015 | Meet-Up Ethique et data de santé

Jean-François Thébaut Cardiologue, membre du collège de la HAS & du comité d'éthique d'Epidemium jusqu'au 31 janvier 2016, démission pour raisons personnelles Cardiologue et membre de la Haute Autorité de Santé où il préside la Commission amélioration des pratiques professionnelles et de la sécurité des patients, Jean-François est spécialiste des questions liées à l'organisation des soins, aux NTICs en santé et à l'évaluation des pratiques médicales.