Twins2Life

De Challenge4Cancer
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1 - Projet TWINS2LIFE

A l'origine du projet de recherche sur les jumeaux Projet concernant l'étude de la littérature médicale ayant pour thématique les jumeaux et les cancers dans le cadre du Challenge Epidemium sur le cancer.

a - Participante au projet : Muriel SHUM KING

Un projet de recherche qui se compose, pour le moment, d'une personne passionnée par la bioinformatique et l'épidémiologie mais dont la formation est différente des études médicales et scientifiques.

b - Liens du projet : http://www.epidemium.cc/project/34/view

2 - Objectif du projet

3 étapes : 1- Description du projet | 2- Analyse des données | 3- Prévention des cancers

1 - Description du projet : Origine et source de la question

Le cancer ou, plus précisément, les cancers sont des maladies qui au XXIe siècle, dans le cadre d'études épidémiologiques, vont concerner de nombreuses populations à travers les migrations entre différents pays et entraîner des mutations dans les comportements et les styles de vie.

Quels sont les facteurs de risques que peuvent nous montrer, en relief, les études sur les jumeaux monozygotes ou dizygotes et, en creux, les études sur les populations, tant démographiques que médicales ?

Si certaines études sur les jumeaux montrent que les facteurs génétiques ne sont pas seuls à influer sur la déclaration des maladies que sont les cancers, alors comment évaluer les facteurs de l'environnement social et les incidents de l'histoire personnelle à travers le prisme des émotions perçues, vécues et ressenties ?

L'analyse des mutations des facteurs de risques et d'émotion dans la littérature médicale permettra de dégager certaines tendances.

Est-il possible d'identifier les liens entre les modes de vie, les types de cancer et les zones concernées par l'émotion ?

Ce sont les attitudes et les comportements qui sont susceptibles d'être modifiés alors que actuellement, en l'état des connaissances, il n'est pas possible de modifier les gènes de l'hérédité.

2 - Spécificité des études sur les jumeaux

Les scientifiques se sont intéressés aux naissances de jumeaux Monozygote ou Dizygote parce qu’en premier lieu l’objectif était de comprendre comment discerner la part d’hérédité, le rôle des genes et la part d’influence de l’environnement dans un même ensemble socioéconomique et style de vie.

Panorama des données statistiques dans le monde et en France concernant les jumeaux et multiples naissances. (Multiple birth)
Les recherches les plus anciennes sur les jumeaux (Twin studies) ont commencé en Suède. https://en.wikipedia.org/wiki/Twin_study
Des registres d’état civil d’enregistrement de naissance des jumeaux (Twin registries) ont été créés. https://en.wikipedia.org/wiki/Twin_registry
Il semblerait que la France ne dispose pas de ce genre de registre ou registre de jumeaux en 2016 comme d’autres pays par le monde.
Données statistiques en France
Ined https://www.ined.fr/fr/tout-savoir-population/memos-demo/focus/boom-jumeaux/
Insee http://www.insee.fr/fr/themes/detail.asp?ref_id=ir-sd2005&page=irweb/sd2005/dd/sd2005_fecjumeau.htm
Données statistiques dans le monde
http://www.cdc.gov/nchs/fastats/multiple.htm
http://ddw.ruhosting.nl/twins/

3 - Ethique

Les données qui servent de référence ont été fournies par Epidemium

Les données recueillies lors des requêtes sur Pubmed : les articles libres en accès ouverts ont été privilégiés.

4 - Les données pour la constitution d’un corpus | Une étude de corpus de données textuelles.

Remarque : Le temps de recherche imparti est très court en raison de mes autres activités et j’ai limité le périmètre de recherches sur Pubmed à quelques requêtes..

Les requêtes sur le site PubMed pour recueillir différents textes d’articles afin de constituer un corpus ont été formulées à partir des registres de jumeaux (Twin registries) et études de jumeaux ou (Twin studies) accompagnées de and cancer.

  • twin registries and cancer

*twin studies and cancer *twin ou twins and cancer

Ces requêtes ont montré l’importance des travaux de recherches d’instituts scientifiques en Suède, Norvège et Danemark.

Wordcloud
Wordcloud de la requête

Twin_registries_and_cancer_Abstract_FFT_20160302_pubmed_result.txt

Google n-Grams <iframe name="ngram_chart" src="https://books.google.com/ngrams/interactive_chart?content=breast+cancer%2Ctwins&year_start=1800&year_end=2000&corpus=15&smoothing=3&share=&direct_url=t1%3B%2Cbreast%20cancer%3B%2Cc0%3B.t1%3B%2Ctwins%3B%2Cc0" width=900 height=500 marginwidth=0 marginheight=0 hspace=0 vspace=0 frameborder=0 scrolling=no></iframe>

Les outils d'analyse

Logiciel R/Rstudio Package Factominer http://factominer.free.fr/
Package Rentrez Rentrez tutorial
Langage Python Package Geopy Pypy
Package Biopyhon Bio
Package NLTK NLTK
Exemple de table des correspondances


Remarques importantes concernant les données du projet.

Les écueils : les documents non accessibles à payer/ les demandes d’autorisation d’accès

Les difficultés à trouver des données de jumeaux pour établir des analyses épidémiologiques, quelques exemples d’études de cohorte

Fiabilité et dates des données

5 - Prévention en cas de cancer.

Annonces en cancérologie pour le médecin et prévention des cancers selon le style de vie et l'environnement familial, social, et naturel selon les régions et pays. Comment annoncer ? Du point de vue du médecin : Existe-t-il de meilleures possibilités d’annoncer au patient sa maladie ?

Comment se renseigner et se prémunir ? Du point de vue du patient : Son mode de vie est-il facteur de risques ?

Quels sont les types d’humeurs qui vont influencer et jouer un rôle tout au long du développement et de la rémission de la maladie ?

Bibliographie

Français : René ZAZZO
Livre : http://www.puf.com/Quadrige:Les_jumeaux%2C_le_couple_et_la_personne

Webographie

France : Edith HEARD

Transgenerational Epigenetic Inheritance: myths and mechanisms

INSERM Epigénétique et jumeaux

Suédois : Paul LIECHTENSTEIN
http://ki.se/en/meb/twin-offspring-study-in-sweden-toss

Pubmed

Familial Risk and Heritability of Cancer Among Twins in Nordic Countries